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根腐病又叫根茎腐烂病，俗称“水冬瓜 ”。在川芎全生期均有发生，苗期和近收获期发生较重，对产量影响较大。出苗前表现为烂种，出苗期发病初期心叶发黄，地下苓种变褐色，根呈水渍状。随着病情的发展，植株叶尖、叶缘开始焦枯，停止生长，全株死亡。感病块茎内部腐烂，呈黄褐色浆糊状，有特殊臭味。用根茎已腐烂的无根苓子作种，或在雨水过多、排水不良致使土壤过湿时容易发生。
海拔1200米适应种植的药材品种比较多，主要是根据气候、土质、在哪个地区种植，才能真正的去规划品种，海拔1200米沙土地可以种植桔梗、丹参、玄参、何首乌、白芍、油用牡丹、知母、射干等，黏土适应种植急性子、夏枯球、蛇床子、决明子、黑豆、香草子、半枝莲等，这些品种全国均可种植。
每年盛夏来临之时，在海拔3000米以上的青藏高原地带，有一种昆虫名叫虫草蝙蝠蛾进入产卵期，体小身花的雌性成年蝙蝠蛾便将千千万万个虫卵产在地面的植被上，经一个月左右时间的孵化后，蛾卵变成小虫再钻进潮湿疏松的土壤里，靠吸食植物根茎的营养而生长，逐渐将身体养得洁白肥胖。
黄芩适宜在海拔为600-1500米的地区种植，栽培黄芩以排水良好，肥沃的腐殖质土壤和沙质壤土为最好，表土宜深厚膨软，下层土含有沙砾。低湿地排水，不良及黏性强而坚硬的土壤，不适宜栽种。气候宜于温暖而稍微寒冷的温带北部与中部地方，降雨量适中的地域。
在牛膝收获前，在田间选择生长中等、分枝密、叶片肥大、无病虫害的植株作留种株；收获时再从中选择根条长，上下粗细均匀，主根下部分枝少，色黄白，芦头不超过3个的根条作种根。然后，再选取根条上12~15厘米长剪断作种。牛膝贮藏于地内或室内埋入沙土中。在第2年4月初，在预先整好的留种地内，按行距75厘米，株距60厘米，开穴，每穴放种根3株，成三角形。栽后覆细土，压实。
黄连一般种植4-5年即可采挖，最长不宜超过6年，分延长生长期则黄连生长势减弱，根茎易腐烂，品质差，产量下降。
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