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白芷种子一般在7月份采收， 在种皮呈黄绿色时进行，此时种子的成熟度较好，不老也不嫩。采种时注意选取一级侧枝上结的种子，依成熟度分批剪下种穗，扎成小捆，挂于阴凉通风处(种子怕雨淋、日晒、烟熏)，在播种之前再从小穗上把种子抖落。也有的阴干后即搓下种子，贮于布袋中，放通风干燥处存放。白芷种子不宜久藏，隔年陈种易丧失发芽力。
白芷灰斑病导致药材植物叶片出现大面积的病斑，以菌丝块在土表病残组织上越冬。翌年产生分生孢子，靠风雨淋溅传播。侵染适温20-23℃，缺肥田及偏旋氮肥田，通风不良，低洼地，多雨、潮湿时发病重。
经过初加工的白芷用麻袋包装，包件45千克。应贮存于阴凉干燥处，温度不超过30℃，相对湿度70%-75%，商品安全水分12%-14%。本品因含淀粉及挥发油，极易虫蛀、发霉及变色。为害的仓虫有烟草甲、药材甲、米扁虫、咖啡豆象、日本蛛甲、锯谷盗、赤拟谷盗等。如被虫蛀，其根条有明显蛀孔。根条头尾部易发霉，可见明显霉斑。
白芷不但能与1～2年生牡丹、白芍、太子参、旱半夏套种，还可与蔬菜间作，实行药菜间作。这是利用不同作物的生物学特性达到充分利用地力和阳光，药菜互补的原则，解决种植药、菜争地的矛盾，增加单位面积的产值。
白芷如何留种？白芷留种方法：收获白芷时，选粗细均匀，大小适中和健壮、无病虫害的根，移栽于种子田。种子田选择土质肥沃，有排灌条件的土地，深翻30cm，按株行距各60cm，挖30cm左右深的坑，每坑施土杂肥1.5--2kg，与土混匀，在将白芷根栽于坑内，填土踩实、浇水。
